內(nèi)閣
洪武十三年誅丞相胡惟庸，罷中書省，廢丞相等官。在廢除丞相后，朱元璋親理政務，一度深感疲憊，于是設立四輔官來輔佐政事。但這項制度效能不彰。洪武十五年七月被廢。十一月，仿宋制，置華蓋殿（世宗時改為中極殿）、武英殿、文淵閣、東閣諸大學士，又設文華殿大學士，以輔導太子，品秩都是正五品。明成祖登基后，特派解縉、胡廣、楊榮等入午門值文淵閣，參預機務，由此成立內(nèi)閣。內(nèi)閣只為皇帝的顧問，奏章的批答為皇帝的專責。內(nèi)閣大學士一職多以碩德宿儒或朝中大臣擔任，只照皇帝意旨寫出，稱“傳旨當筆”。明仁宗增置謹身殿（世宗時改為建極殿）大學士。宣宗時期，由于楊溥、楊士奇、楊榮等三楊入閣，宣宗批準內(nèi)閣在奏章上以條旨陳述己見，稱為“票擬”制度。明初，內(nèi)閣無實權(quán)。之后內(nèi)閣地位逐漸升高，權(quán)限逐漸增大，到明世宗時，內(nèi)閣終躍至六部之上。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。自此，內(nèi)閣成了中央最高的的決策機構(gòu)。
六部
明朝在中央和南京各設置吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到了提高。每部只設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降為郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部（主管文官升遷）最為重要，戶部人員最多。禮部（主管祭祀大典）與工部（主管公共建設）地位較低，而在南京六部除兵部（掌管南直隸與浙江、江西等省的軍隊）、戶部（掌管南方戶籍）外，其他四部基本沒有沒有實權(quán)，是被排擠出中央的官員的“養(yǎng)老之地”。
監(jiān)察機構(gòu)
太祖尚為吳王時，始置御史臺，設左、右御史大夫各一名。洪武十三年，罷御史臺。十五年更置都察院，設監(jiān)察都御史八人。分監(jiān)察御史為浙江、河南、山東、北平、山西、陜西、湖廣、福建、江西、廣東、廣西、四川十二道，各道置御史三到五名，稱為十二道監(jiān)察御史。監(jiān)察御史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。永樂元年，改北平道為北京道。十八年，罷北京道，增設貴州、云南、交址三道。洪熙元年，稱行在都察院。宣德十年，罷交址道，始定為十三道。正統(tǒng)中，去“行在”字。
六科
六科，負責侍從、規(guī)諫、補闕、拾遺、稽察六部百司之事。洪武六年，設給事中十二人，秩正七品，始分為六科，每科二人。洪武二十四年，更定科員，每科都給事中一人，正八品。六科官職品級雖低，然職權(quán)很高。他們有“封駁權(quán)”，可以不贊成皇帝的意旨。該制度發(fā)揮了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太仆寺和鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權(quán)與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，九卿之一。其余四寺卿職權(quán)較低。太常寺負責祭祀禮樂，隸屬于禮部；太仆寺管理馬匹，隸屬于兵部；光祿寺負責壽宴、進貢等，隸屬于禮部；鴻臚寺負責朝會、賓客（外吏朝覲，諸蕃入貢）、吉兇儀禮。
廠衛(wèi)機構(gòu)
明朝主要的情報機構(gòu)包括錦衣衛(wèi)、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內(nèi)行廠。 錦衣衛(wèi)設立于洪武十五年，負責偵查國內(nèi)外情報，直接對皇上負責，擁有可以逮捕任何人，并進行秘密審訊的權(quán)利。東廠成立于永樂十八年，主要職責就是監(jiān)視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，并有權(quán)將監(jiān)視結(jié)果直接向皇帝匯報。依據(jù)監(jiān)視得到的情報，對于那些地位較低的政治反對派，東廠可以直接逮捕、審訊；而對于擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權(quán)后也能夠?qū)ζ鋱?zhí)行逮捕、審訊。西廠設立于憲宗時期，首領(lǐng)為汪直。1482年后被廢。其后又被武宗短暫恢復。內(nèi)廠設于武宗時期，任務是牽制錦衣衛(wèi)、東廠和西廠的權(quán)利，防止它們?nèi)齻€機構(gòu)相互勾結(jié)權(quán)利的擴展，是朱元璋為政的另一種手段。首領(lǐng)為宦官劉謹，劉謹伏誅后，內(nèi)廠與西廠同時被廢，僅留東廠。
其它機構(gòu)
太師、太傅、太保為三公。明仁宗之后，三公皆為虛銜，為勛戚文武大臣加官、贈官。太子太師、太子太傅、太子太保，明朝只永樂年間，明成祖幸北京，以姚廣孝專為太子太師，留輔太子。自是以后，終明一朝皆為虛銜。他們名為輔導太子，但實際上輔導太子的機構(gòu)是詹事府。詹事府下設兩坊、一局、一廳。此外還有太醫(yī)院，太醫(yī)院附屬有生藥庫和惠民藥局。二十四衙門（十二監(jiān)、四司、八局，由宦官所擔任）。親軍上直二十六衛(wèi)，除錦衣衛(wèi)設有南北兩個鎮(zhèn)撫司，其他二十五衛(wèi)各設有一個鎮(zhèn)撫司，已上俱不屬五軍都督府管轄。女官，洪武五年，定為六局一司。永樂后，職盡移于宦官，只保留少數(shù)女官。
明朝的軍事
衛(wèi)所制為在全國各地軍事要地設立衛(wèi)所駐軍，衛(wèi)有軍隊五千六百人，其下依序有千戶所、百戶所、總旗及小旗等單位，各衛(wèi)所都隸屬于五軍都督府，亦隸屬于兵部，有事從征調(diào)發(fā)，無事則還歸衛(wèi)所。軍隊來源為世襲的軍戶，由每戶派一人為正丁至衛(wèi)所當兵，軍人在衛(wèi)所中輪流戊守以及屯田，屯田所得以供給軍隊及將官等所需。其目標在養(yǎng)兵而不耗國家財力，但明宣宗以后漸無法維持，軍人生活水平及社會地位日漸低下，逃兵也逐漸增加，軍備因此逐漸廢馳。
在嘉靖年間，應付倭寇之亂時，將領(lǐng)戚繼光在浙江地區(qū)采用招募民兵加以訓練的方式，來取代不堪的衛(wèi)所兵。正因為明朝正規(guī)軍衛(wèi)所軍的不堪用，故這些民兵，在明朝后期逐漸擔負起維持明朝有效統(tǒng)治的作戰(zhàn)部隊，而其中最為有名的就是戚繼光的召募以浙江人為主戚家軍、李成梁李如松父子麾下的遼東鐵騎及袁崇煥所召募以遼東人為主的關(guān)寧鐵騎 。
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