1646年，清軍分別占領(lǐng)浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西時被俘而死。鄭芝龍向清軍投降，由于其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿鍵死后，其弟朱聿??在廣州受蘇觀生及廣東布政司顧元鏡擁立稱帝，即紹武帝，于同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔于廣東肇慶稱帝，即永歷帝。
1646年永歷帝獲得瞿式耜、張獻忠余部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力的支援之下展開反攻。同時各地降清的原明軍將領(lǐng)先后反正，例如1648年江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻忠與楊有光率部反正，一時之間南明收服華南各省。然而于同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先后占領(lǐng)湖南、廣東等地。
兩年后，李定國、孫可望與鄭成功發(fā)動第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京。然而，最后因為距離互相難以照應(yīng)，內(nèi)部又發(fā)生孫可望等人的叛變而節(jié)節(jié)敗退。1661年，清軍三路攻入云南，永歷帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達收留。后吳三桂攻入緬甸，莽達之弟莽白乘機發(fā)動政變，殺死其兄后繼8月12日，莽白發(fā)動咒水之難，殺盡永歷帝侍從近衛(wèi)，永歷帝最后被吳三桂以弓弦絞死，南明亡。
此時反清勢力只剩夔東十三家軍與在金廈的鄭成功（史稱明鄭）。李自成余部在湖南抗清失敗后，轉(zhuǎn)移到川、鄂山區(qū)進行活動，在夔州府以東地區(qū)繼續(xù)抗清，稱為夔東十三家軍。1662年清軍開始攻打之，到1664年首領(lǐng)李來亨被殺而亡。鄭成功在南京之戰(zhàn)失敗后退回金廈，于1661年率軍遠征荷蘭人占據(jù)的臺灣島成功，明鄭領(lǐng)有臺灣，定都東寧（今臺灣臺南）。其子鄭經(jīng)曾參與三藩之亂，率軍參與反攻失利。1683年，清朝康熙帝命施瑯為水師提督進攻臺灣。明鄭主鄭克塽率眾投降，明鄭亡。
【南明與明鄭，1683年明鄭主鄭克塽率眾降清，明鄭亡】相關(guān)文章：