光宗性好猜忌，非常不信任其父孝宗的周遭大臣，因此他即位兩年后就日漸瘋癲。紹熙五年七月，孝宗病死后，光宗不服喪。臨安城內(nèi)混亂不堪，局勢(shì)不穩(wěn)。宗室趙汝愚和趙彥逾便開(kāi)始秘密策劃立新君。最后，太皇太后下詔，光宗被奉為太上皇。1195年，他的兒子趙擴(kuò)即位，是為寧宗，改元慶元。六年后，光宗去世。史載寧宗“不慧”，智商低下。寧宗一朝被韓侂胄和史彌遠(yuǎn)兩名權(quán)臣操控。
寧宗初期，趙汝愚任宰相。趙汝愚本人政治操守良好。但由于皇室任職宰相本就不合禮法，加上韓侂胄煽風(fēng)點(diǎn)火，最后他被罷去相位。但是，民間依然十分懷念他，臨安城門(mén)上每天都有悼念的詩(shī)文。韓侂胄為了徹底清除趙汝愚的影響與排斥異己，假借學(xué)術(shù)之名，制造慶元黨禁。將理學(xué)稱(chēng)為“偽學(xué)”，而朝中信仰理學(xué)的大臣又多反對(duì)韓侂胄。韓侂胄借此將信仰理學(xué)的士大夫全部趕出朝廷。
慶元六年（1200年），韓侂胄見(jiàn)理學(xué)已構(gòu)不成威脅，便解除黨禁。但是，黨禁不得人心，為了籠絡(luò)士人，韓侂胄又借北伐的名義蠱惑人心。開(kāi)禧二年（1206年），韓侂胄貿(mào)然進(jìn)行開(kāi)禧北伐，結(jié)果很快就遭到了失敗，北伐的失敗讓韓侂胄成為眾矢之的，他的政敵史彌遠(yuǎn)借此與主和派和韓的反對(duì)派集結(jié)成聯(lián)盟。而金人又以殺韓侂胄作為和談條件之一。開(kāi)禧三年（1207年）十一月三日，史彌遠(yuǎn)等偽造密旨，將韓侂胄殺死。從此之后開(kāi)始了史彌遠(yuǎn)專(zhuān)政時(shí)期。史彌遠(yuǎn)與楊皇后勾結(jié)，大權(quán)獨(dú)攬。在1208年，簽訂《嘉定和議》。在兩國(guó)改為伯侄關(guān)系，宋由貢獻(xiàn)歲幣及絹由二十萬(wàn)增至三十萬(wàn)，宋賠償三百萬(wàn)軍費(fèi)，金放棄占領(lǐng)的大散關(guān)、濠州，獻(xiàn)上韓侂胄首級(jí)。
1214年七月，宋寧宗接納真德秀的奏議，決定從此不再向金貢納“歲幣”，而此時(shí)，金朝已遭受蒙古帝國(guó)的打擊，被逼由燕京遷都至開(kāi)封。為了擴(kuò)大疆土以彌補(bǔ)被蒙古侵占的地域，金以宋不再納歲幣為名，出兵南侵，但是失敗。
寧宗本有八子，但都夭折了。于是他立沂王的兒子趙竑為太子。趙竑對(duì)史彌遠(yuǎn)的專(zhuān)政非常不滿(mǎn)。因此史彌遠(yuǎn)廢趙竑太子之位，改立趙昀為皇位繼承人。嘉定十七年（1224年）閏八月三日，寧宗去世。趙昀接替即位，是為理宗。但是，史彌遠(yuǎn)繼續(xù)其的專(zhuān)政，而趙昀也奉行韜光養(yǎng)晦的策略。紹定六年（1233年）十月，史彌遠(yuǎn)去世。理宗終于擺脫了史彌遠(yuǎn)的陰影。次年，理宗改元端平，實(shí)施一系列改革措施，史稱(chēng)“端平更化”。理宗將史彌遠(yuǎn)舊黨盡數(shù)罷斥，朝政一度得到了改觀。
南宋在孝宗、寧宗朝時(shí)比較安定。但是，寧宗以后，奸佞當(dāng)?shù)溃胃瘮?，?guó)勢(shì)日衰。
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