此時(shí)，嚴(yán)嵩父子雖然倒了臺(tái)，但貪污腐化，吏治敗壞的風(fēng)氣沒有絲毫改變，明世宗仍然沉溺在求仙問藥之中。老百姓越來越窮困。海瑞當(dāng)時(shí)任戶部主事，他要上一道奏章，希望皇帝從迷信中醒悟過來。
他知道，奏章呈上去，就會(huì)有殺身之禍。但他決心已下，就事先遣散了家人，安排好后事，又給自己買了棺材，訣別了妻子，才將他的奏章呈進(jìn)宮去。
明世宗倒是耐著性子讀完了他的奏章?？墒撬娇丛綒?。那上面寫道：
“陛下即位之初確做過些好事，可是后來卻沉溺在神仙和仙藥中，追求長(zhǎng)生不老?？墒菆颉⑺?、禹、湯、文、武這些古圣賢，還有秦、漢那些自稱有仙術(shù)的方士，至今還有在的嗎?陛下叫人到處采購(gòu)煉丹的藥材，又大興土木，修建道宮，耗盡了民脂民膏，弄得民窮財(cái)盡。怪不得現(xiàn)今老百姓都說：陛下年號(hào)叫“嘉靖”，是家家戶戶干干凈凈的意思。陛下二十多年不上朝，濫派官職，跟親人、官員不見面，猜忌、殺戮臣下，弄得國(guó)弱民窮，君道不正，臣職不明，形勢(shì)非常嚴(yán)重。陛下自比為堯、舜，臣下以為連漢文帝都不如……”
明世宗氣得七竅生煙，將奏章狠狠地摔在地上，大喊道：“趕快把這個(gè)家伙抓起來，別讓他逃跑了!”
宦官黃錦說：“聽說這個(gè)人不怕死，做官清廉。他自知觸犯 陛下，活不成了，已經(jīng)安排好后事，準(zhǔn)備好棺材，不會(huì)逃跑的。”
明世宗沉默半晌，再將奏章拾起反復(fù)閱讀，覺得海瑞的話多少有些道理，自言自語(yǔ)連聲嘆息說：“這個(gè)人倒像比干，只是朕還沒有商紂王那么壞吧!”他好幾個(gè)月沒有作批復(fù)。
但明世宗后來還是下旨將海瑞抓了起來。不過，才過了兩個(gè)月，明世宗就死了。他的兒子明穆宗即位，才將他放出監(jiān)獄，恢復(fù)了官職。
海瑞，號(hào)剛峰。小時(shí)候家中很貧窮，所以他能體會(huì)窮人的痛苦。他沒中過進(jìn)士，開始僅做縣學(xué)的教諭(學(xué)官)。到任后，他就革除學(xué)生向教官送禮送酒食的習(xí)俗。提學(xué)御史視察縣學(xué)，縣官與其他教官迎接時(shí)都下跪，唯獨(dú)海瑞不下跪，只作揖。他說：學(xué)校是教學(xué)的地方，不是衙門，教師不該給長(zhǎng)官下跪。
后來海瑞做浙江淳安知縣，帶頭廢除官員們?cè)S多濫收的費(fèi)用，又嚴(yán)格執(zhí)行迎來送往時(shí)不許鋪張浪費(fèi)、不許贈(zèng)送禮物的規(guī)定。有一回，嚴(yán)嵩死黨鄢懋(ｙ?。睿?agrave;ｏ)卿以御史的身分，到江南視察，他表面上發(fā)出文告，叫地方官員不要送禮，不要鋪張浪費(fèi)，實(shí)際上卻暗示要吃山珍海味，要收受好處。
消息傳到淳安，海瑞自然不愿迎合他。他親自給鄢懋卿寫了封信，說：“讀了大人的文告，知道大人喜歡簡(jiǎn)樸、不愛拍馬屁。我相信大人說的都是真心話。但是我聽說，大人南下，沿途各處都為大人辦了豐盛的酒席，每桌三四百兩銀子，很闊綽，連便壺都是銀子做的。這大約是那些地方官員沒有真正領(lǐng)會(huì)大人的本意，以為大人心口不一，實(shí)際是個(gè)喜歡巴結(jié)，講究排場(chǎng)的浮華之徒吧?”
鄢懋卿氣得臉發(fā)紅，手發(fā)抖，但只好不去淳安了。
還有一次，浙江總督胡宗憲的兒子路過淳安，嫌驛館招待不周，將管事人倒吊起來毆打。
衙役慌慌張張跑到縣衙門稟報(bào)。海瑞說：“有辦法對(duì)付。”便帶著衙役來到驛館，叫人先將胡公子抓起來，又從他的行李中搜出幾千兩銀子。胡公子大喊大叫：“海瑞，你好大膽，敢抓堂堂總督公子!”
海瑞笑著說：“總督大人有布告，再三告誡屬下各州縣，迎接上官，不得鋪張。這個(gè)人如此猖狂，還有大批來歷不明的銀子，一定是冒充的胡公子，敗壞總督的名聲，必須嚴(yán)辦!”他命令將銀子收進(jìn)國(guó)庫(kù)，另寫了封信，連人送到杭州，請(qǐng)胡宗憲發(fā)落。胡宗憲是啞巴吃黃連，有苦說不出，只好將自己兒子臭罵了一頓。
公元1569年，海瑞出任江南巡撫。有錢有勢(shì)的人家，聽說海瑞來了，都夾緊了尾巴，有的躲避到別的地方去，有的把自己朱紅的大門漆黑，減少人們的注意。海瑞強(qiáng)迫那些擁有大量土地的豪強(qiáng)大戶將強(qiáng)占的土地退出來，分給窮人，而且先拿當(dāng)朝首輔徐階家開刀。他還領(lǐng)導(dǎo)疏浚了蘇州的吳淞江、常熟的白茆(ｍáｏ)河。
海瑞的施政措施，獲得民眾擁護(hù)，卻遭到官僚地主的反對(duì)。由于不斷遭到排擠，海瑞被迫辭官回到家鄉(xiāng)。公元1583年，他才被起用為南京吏部右侍郎，這時(shí)他已是七十二歲的老人了。但他仍勤勉地操勞著，直到死在任上。
他一生沒有置過田產(chǎn)。死時(shí)，家中只有十多兩俸銀。還是同僚湊錢為他辦的喪事。
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